Les premiers changements significatifs ont lieu sur la série 2 de l'Alfa Romeo qui est lancée dès 1969. En effet, l'arrière bombé typique est délaissé au profit d'un arrière "tronqué" qui lui vaudra d'ailleurs le surnom de "coda tronca".
Concernant le 1300 Junior, les seules modifications constatées sont donc esthétiques puisque la motorisation ne change pas. Il garde son bloc 1290cc développant 89 chevaux.
C'est finalement en 1974 que des évolutions esthétiques apparaissent sur cette version. Deux petits sièges sont ajoutés à l'arrière et le Spider devient alors un "2+2" quatre places.
En 1977, le 1300 Junior disparait du catalogue Alfa Romeo et l'appellation "Junior" sera donc réservée au modèle 1600 dont la production avait repris en 1972.
4557 exemplaires de 1300 Junior ont été fabriqués entre 1969 et 1977