Au millésime 1990, la BX s'offre un profond lifting, visant à rafraichir son look encore très teinté années 80. A cette occasion, la 16s abandonne les lettres GTI.
La "BX 16 soupapes" restylée est commercialisée en série limitée (300 exemplaires), puis en septembre 89, le modèle est intégré au catalogue de la gamme BX. Outre quelques aménagements esthétiques très tendance tuning (boucliers plus enveloppants, feux arrière noir et rouge, jantes peintes, nouvel aileron de coffre et aérateurs de custodes carénés), la 16 Soupapes de Citroën adopte de nouvelles suspensions, plus confortales, avec des articulations de triangles inférieurs modifiées (montage sur roulement abandonné au profit de silent-blocs), une barre anti-roulis arrière plus épaisse (21 mm contre 19) et le pneumatique Michelin MXV2 en remplacement du MXV. Rien de "révolutionnaire" puisque la mécanique reste rigoureusement la même, mais le comportement se montre moins sous-vireur, avec un arrière plus mobile en conduite sportive.
La passage à la catalysation en 1992 fait tomber la puissance à 150 ch (et même moins d'après certaines mesures au banc) tandis que les ventes s'effondrent définitivement.