La Lotus 16 un modèle plus sophistiqué, plus épuré en apparence que la 12. La structure tubulaire était légère à un point tel qu'elle était synonyme de fragilité, tandis que pour réduire au minimum la surface de prise au vent, le moteur FPF était incliné (à des degrés divers) et décalé par rapport à la ligne centrale, de sorte que la transmission se faisait "à gauche du cockpit". 

Les 16 sont apparues sous la forme de F1 et de F2, les deux courses étant disputées pour la première fois lors du GP de France 1958, aux côtés des 12. La performance de l'équipe Lotus était loin d'être exceptionnelle : Allison termina 5e au au GP d'Allemagne, un arrêt au stand lui coutant près de 20 minutes, et la cinquième place au classement général fut prise par Mclaren dans une Cooper F2, de sorte que la cinquième place de Hill dans le GP d'Italie fut le meilleur résultat en F1. L'année 1959 ne fut guère meilleure, bien que l'Irlande soit quatrième au GP des Pays-Bas et qu'elle soit classée cinquième à Sebring. Les 16 ont fait peu d'apparitions en 1960, plusieurs sont allées en Australie, certaines ont été retirées pour diverses raisons, et dans les années 1970, certaines trouvèrent enfin la fiabilité... dans les courses historiques !