La Matra MS5 est un modèle adaptable pouvant recevoir plusieurs types de motorisations, destiné à pouvoir être engagé en Formule 3 mais aussi en Formule 2. Seule la motorisation et le nom change en même temps que la catégorie. Les MS5 participeront en 1966 au championnat de Formule 3 avec un moteur Ford-Cosworth. Les voitures engagées en Formule 2 seront baptisée MS6 et dotées soit d'un moteur Cosworth SCA, soit d'un BRM.

La Matra MS5 Formule 2 ou MS6 n'est donc qu'une simple variante de la MS5, destinée au Championnat de Formule 2 en 1966. La cylindré est adaptée à la catégorie en passant de 997cc à 2100cc et le diamètre de la canalisation d'eau élargie.