Pour l'année de modèle 1987, la 944 S (le S étant l'abréviation de Super) a été introduite. La 944 S était équipée d'un moteur de 2,5 L (M44/40) atmosphérique, à double arbre à cames en tête et à 16 soupapes de 190 ch (140 kW ; 187 ch), équipé d'un tendeur de courroie de distribution autoréglable. Il s'agit de la première utilisation de quatre soupapes par cylindre et de la DACT dans la 944, dérivée de la 928 S4 avec un arbre à cames redessiné, un système d'admission et des passages en magnésium, un couvercle de soupape en magnésium, un carter d'huile plus volumineux et un échappement révisé. La capacité de l'alternateur était de 115 ampères. Les roulements de roue ont également été renforcés et le servofrein amélioré. Les étriers flottants 944 étaient de série, mais le régulateur de pression du circuit de freinage des roues arrière du 944 turbo a été utilisé. De petits badges "16 Ventiler" ont été ajoutés sur les côtés devant les moulures de protection de la carrosserie. Les chiffres de performance comprenaient un 0 à 100 km/h (62 mi/h) atteint en 6,5 secondes et une vitesse maximale de 232 km/h (144 mi/h) grâce à un poids à vide de 1 296 kg (2 857 lb). Elle fut également dotée d'un ordinateur Bosch Digital Motronic 2 Computer/DME programmé et optimisé avec deux capteurs de cognement pour une meilleure performance du carburant pour la culasse à taux de compression 10,9:1 plus élevé. Comme la 944 Turbo, la 944 S a reçu des ressorts progressifs pour une meilleure maniabilité, des barres stabilisatrices avant et arrière plus larges, une transmission et une boîte de vitesses révisées pour mieux s'adapter à la limite supérieure de régime du moteur de 2,5 L à DACT de 6 800 tr/min. Deux AirBag, un différentiel à glissement limité et un système de freinage ABS étaient offerts en option sur la 944 S.
Un groupe tourisme Club Sport (M637) était disponible, de même que les jantes légères en alliage forgé de 16 pouces CS/Sport Fuchs 16x7 et 16x9. Cette version fut engagée en course au Canada, en Europe et dans la série IMSA Firehawk Cup qui s'est déroulée aux États-Unis. La production a eu lieu seulement en 1987 et 1988. Elle fut remplacée en 1989 par la version S2. Le rapport poids-puissance de la 944 S de 1987 était tel qu'elle a pu accélérer de 0 à 100 km/h en 6,5 secondes, égalant ainsi l'accélération de la nouvelle S2 de 3,0.